Тоже была проблема, сбивалась Х координата на 1-2 мм. Тоже несколько работ испорченных, перепроверялось ВСЁ, проблема решилась сама-собой, однажды станок просто не включился. Развалилась контактная группа на сетевом выкл.. Поменял и проблема ушла, а при прозвоне всё было норм.

На все команды отката Ругается

Спасибо за дельный совет. Обязательно им воспользуюсь. По сути главную проблему решил перезалив  прошивку через Arduino и переставив все драйверы, в том числе и системные.
Сам станок начал нормально откликаться. Но при работе бывают сбои и остановы. Причина пожалуй в проводе от системника, как вы уже предположили, либо в критическом падении напряжения, хотя специально приобрёл авто трансформатор с фильтром. Пробую завтра напряжение замерить. Ещё одну фишку вычитал, поставить на провод от шпинделя фильтр.
Сам провод от системника к станку подключен с зади на материнку.   
Всё таки при работе с бука работа более стабильна за щёт батареи, которая компенсирует перепады напряжения.

На самом деле - немного странно. обычно ловят пониженное питание USB на ноутах (вплодь до 3.3 В !!!) а не на стационарных компах - у Вас все наоборот.
Автотрансформатор поможет избежать лишних помех и стабилизировать общее питание компа, но не поднимет напряжение питания USB.  У Вас или в материнке с этим разъемом проблема, или в шнурке  ЮСБшном. Попробуйте подключить к другому разъему. Буратино передавайте привет

Честно говоря коллеги от этого у меня волосы на голове встали.
Я уже сколько лет работаю с печатным оборудованием но впервые сталкиваюсь с самостоятельным изготовлением USB шнурков.
Мало того, что само USB подключение очень глючное, но еще и с самодельным, ДЛИННЫМ шнурком.
Максимально допустимая длинна USB шнурка, если вы хотите достичь более менее нормальной работы оборудования, не должна превышать 1,5-2м для качественного кабеля.
Все остальное в топку! Принтеры и те через раз печатают при длине кабеля 3м. а тут ЧПУ, где каждый сигнал на вес золота.
Сам стандарт USB допускает использование шнура НЕ БОЛЕЕ 3М, но гарантий, что при такой длине не будет сбоев никто не дает.
У вас по этому с ноутом все работало, то что кабель короткий был.

Не будет нормально работать USB кабель более 2м. к гадалке не ходи. Сам стандарт передачи данных USB не позволяет это.
Есть специальные повторители на кабеле, с их помощью можно и 15м. состыковать, но за стабильность работы такого соединения никто не поручится.
Поверьте, я уже собаку съел на этих USB подключениях. Каждая вторая жалоба на отваливание принтера приходится на USB кабель и его длину.

Это удлинитель с усилителем, коробочку на шнуре видите?
Но для ЧПУ я бы не рискнул такой использовать.

Спасибо всем Вам за дельные советы. Сегодня точил не вынимая с 9 до 22.30 Что я предпринял. Как уже говорил поменял все драйвера в системе, перепрошил ардуин, так как со 100 ватным паяльником глупо лезть в микросхемы заменил пайку термо клеем, просто закрепил все разьёмы и на последок поставил петлёй питающие провода шпинделя в ферритовую трубку возле шпинделя. Контроль напряжения показал его падение на входе автотрансформатора но не критичное, всё отработало отлично. Наверно вчера у всего дома были  пастирушки    Ещё раз благодарю всех участников темы.

Согласен на 100%. Но даже фазы не всегда спасают, сосед может сидеть со сваркой на другой фазе (((